CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 10130 4296 70.22 14426 2 11624 3939 74.69 15563 3 10490 3795 73.43 14285 4 10009 3579 73.66 13588 5 10152 3641 73.60 13793 6 10179 3559 74.09 13738 7 10283 3715 73.46 13998 8 10453 3454 75.16 13907 9 10346 3302 75.81 13648 10 10799 3411 76.00 14210 11 11140 3469 76.25 14609 12 10824 3379 76.21 14203 13 11123 3382 76.68 14505 14 11110 3342 76.88 14452 15 11187 3229 77.60 14416 16 11248 3334 77.14 14582 17 11096 3404 76.52 14500 18 11156 3379 76.75 14535 19 11294 3282 77.48 14576 20 11353 3227 77.87 14580 21 11441 3354 77.33 14795 22 11504 3226 78.10 14730 23 11470 3188 78.25 14658 24 11556 3149 78.59 14705 25 11530 3282 77.84 14812 26 11500 3140 78.55 14640 27 11453 3135 78.51 14588 28 11523 3217 78.18 14740 29 11635 3231 78.27 14866 30 11431 3085 78.75 14516 31 11781 3114 79.09 14895 32 11578 3082 78.98 14660 33 11368 2941 79.45 14309 34 11775 3207 78.59 14982 35 11528 3168 78.44 14696 36 11498 3110 78.71 14608 37 11484 3164 78.40 14648 38 11635 3099 78.97 14734 39 11546 2986 79.45 14532 40 11521 3173 78.41 14694 41 10973 3011 78.47 13984 42 11054 2892 79.26 13946 43 11036 2931 79.01 13967 44 11187 2986 78.93 14173 45 10926 2904 79.00 13830 46 10962 2869 79.26 13831 47 10816 2976 78.42 13792 48 10602 2938 78.30 13540 49 10623 2927 78.40 13550 50 10521 2861 78.62 13382 51 10231 2803 78.49 13034 52 10202 2740 78.83 12942 53 10269 2811 78.51 13080 54 9961 2813 77.98 12774 55 9854 2724 78.34 12578 56 10082 2697 78.90 12779 57 9729 2723 78.13 12452 58 9713 2739 78.00 12452 59 9453 2679 77.92 12132 60 9199 2591 78.02 11790 61 9251 2642 77.79 11893 62 9037 2644 77.36 11681 63 8764 2499 77.81 11263 64 8761 2543 77.50 11304 65 8400 2415 77.67 10815 66 8326 2424 77.45 10750 67 8374 2441 77.43 10815 68 8040 2436 76.75 10476 69 8012 2281 77.84 10293 70 7960 2333 77.33 10293 71 7831 2371 76.76 10202 72 7371 2245 76.65 9616 73 7333 2232 76.66 9565 74 7309 2246 76.49 9555 75 6907 2162 76.16 9069 76 6793 2104 76.35 8897 77 6676 2093 76.13 8769 78 6059 2038 74.83 8097 79 5068 1643 75.52 6711 80 2384 756 75.92 3140 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 2059 20532 9.11 22591 2 1117 21063 5.04 22180 3 1104 21742 4.83 22846 4 690 21414 3.12 22104 5 857 20710 3.97 21567 6 872 20788 4.03 21660 7 673 21236 3.07 21909 8 681 21459 3.08 22140 9 682 21091 3.13 21773 10 561 21044 2.60 21605 11 576 21092 2.66 21668 12 588 21749 2.63 22337 13 605 21352 2.76 21957 14 576 21355 2.63 21931 15 552 22062 2.44 22614 16 540 21850 2.41 22390 17 580 21677 2.61 22257 18 525 21977 2.33 22502 19 513 21636 2.32 22149 20 482 21740 2.17 22222 21 561 22513 2.43 23074 22 495 22218 2.18 22713 23 497 22282 2.18 22779 24 460 22639 1.99 23099 25 459 22181 2.03 22640 26 521 22122 2.30 22643 27 461 22691 1.99 23152 28 428 22422 1.87 22850 29 499 22856 2.14 23355 30 471 22484 2.05 22955 31 476 22744 2.05 23220 32 427 22243 1.88 22670 33 485 22822 2.08 23307 34 477 21985 2.12 22462 35 459 22184 2.03 22643 36 510 22298 2.24 22808 37 460 21933 2.05 22393 38 427 21780 1.92 22207 39 426 22424 1.86 22850 40 446 21473 2.03 21919 41 419 21764 1.89 22183 42 433 21568 1.97 22001 43 400 21109 1.86 21509 44 464 21211 2.14 21675 45 419 21247 1.93 21666 46 404 20805 1.90 21209 47 430 21079 2.00 21509 48 436 20622 2.07 21058 49 395 20274 1.91 20669 50 436 19866 2.15 20302 51 404 20018 1.98 20422 52 383 19766 1.90 20149 53 364 19382 1.84 19746 54 362 19316 1.84 19678 55 374 18982 1.93 19356 56 385 18932 1.99 19317 57 385 19138 1.97 19523 58 365 18310 1.95 18675 59 334 18083 1.81 18417 60 350 18186 1.89 18536 61 343 17548 1.92 17891 62 353 17153 2.02 17506 63 334 17179 1.91 17513 64 297 16676 1.75 16973 65 322 16478 1.92 16800 66 308 16160 1.87 16468 67 314 15951 1.93 16265 68 356 15606 2.23 15962 69 339 15489 2.14 15828 70 295 15239 1.90 15534 71 319 15079 2.07 15398 72 292 14527 1.97 14819 73 302 14733 2.01 15035 74 318 14126 2.20 14444 75 270 14088 1.88 14358 76 307 13556 2.21 13863 77 258 12904 1.96 13162 78 309 12284 2.45 12593 79 243 9752 2.43 9995 80 100 5012 1.96 5112 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 5277 61577 7.89 66854 2 4961 61141 7.51 66102 3 4168 61900 6.31 66068 4 3860 61327 5.92 65187 5 3728 59893 5.86 63621 6 3960 57575 6.44 61535 7 3391 57934 5.53 61325 8 3330 57119 5.51 60449 9 3396 58078 5.52 61474 10 3379 59264 5.39 62643 11 3322 58115 5.41 61437 12 3241 58691 5.23 61932 13 3381 60003 5.33 63384 14 3190 59427 5.09 62617 15 3201 60286 5.04 63487 16 3165 60951 4.94 64116 17 3066 60585 4.82 63651 18 3088 61339 4.79 64427 19 3188 61977 4.89 65165 20 3119 61486 4.83 64605 21 3190 61819 4.91 65009 22 3045 62008 4.68 65053 23 3068 61792 4.73 64860 24 2937 62401 4.50 65338 25 2929 63052 4.44 65981 26 2839 62598 4.34 65437 27 2977 62518 4.55 65495 28 2798 63430 4.22 66228 29 2763 62231 4.25 64994 30 2762 62102 4.26 64864 31 2802 63499 4.23 66301 32 2615 62720 4.00 65335 33 2543 62170 3.93 64713 34 2527 62609 3.88 65136 35 2423 62039 3.76 64462 36 2384 62337 3.68 64721 37 2436 62401 3.76 64837 38 2363 61379 3.71 63742 39 2337 61228 3.68 63565 40 2251 61619 3.52 63870 41 2157 61029 3.41 63186 42 2091 60314 3.35 62405 43 2052 60375 3.29 62427 44 2019 59007 3.31 61026 45 1984 58843 3.26 60827 46 1937 58829 3.19 60766 47 1824 57724 3.06 59548 48 1842 58170 3.07 60012 49 1806 57438 3.05 59244 50 1727 56043 2.99 57770 51 1700 55635 2.97 57335 52 1647 55714 2.87 57361 53 1628 53943 2.93 55571 54 1568 52997 2.87 54565 55 1526 52864 2.81 54390 56 1394 52130 2.60 53524 57 1455 51548 2.75 53003 58 1430 51135 2.72 52565 59 1355 50727 2.60 52082 60 1301 49601 2.56 50902 61 1272 48662 2.55 49934 62 1218 48055 2.47 49273 63 1213 47742 2.48 48955 64 1141 47857 2.33 48998 65 1158 46112 2.45 47270 66 1155 45682 2.47 46837 67 1078 44715 2.35 45793 68 1067 44626 2.34 45693 69 1074 44108 2.38 45182 70 1026 43253 2.32 44279 71 1031 42443 2.37 43474 72 988 41851 2.31 42839 73 1037 40837 2.48 41874 74 967 39822 2.37 40789 75 948 38960 2.38 39908 76 967 38459 2.45 39426 77 1024 36572 2.72 37596 78 950 34143 2.71 35093 79 715 28316 2.46 29031 80 377 13351 2.75 13728 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 6832 3087 68.88 9919 2 7057 2478 74.01 9535 3 6231 2428 71.96 8659 4 5230 2142 70.94 7372 5 5169 2089 71.22 7258 6 5164 1907 73.03 7071 7 5069 2105 70.66 7174 8 4970 1796 73.46 6766 9 4899 1757 73.60 6656 10 5174 1744 74.79 6918 11 5053 1829 73.42 6882 12 4915 1615 75.27 6530 13 4789 1655 74.32 6444 14 4890 1607 75.27 6497 15 4796 1562 75.43 6358 16 4668 1405 76.86 6073 17 4754 1575 75.11 6329 18 4450 1386 76.25 5836 19 4254 1360 75.77 5614 20 4193 1356 75.56 5549 21 4201 1319 76.11 5520 22 4084 1272 76.25 5356 23 4039 1185 77.32 5224 24 3911 1242 75.90 5153 25 3918 1187 76.75 5105 26 3846 1188 76.40 5034 27 3660 1149 76.11 4809 28 3775 1112 77.25 4887 29 3641 1076 77.19 4717 30 3554 1017 77.75 4571 31 3446 1075 76.22 4521 32 3454 990 77.72 4444 33 3352 937 78.15 4289 34 3470 988 77.84 4458 35 3297 921 78.17 4218 36 3183 864 78.65 4047 37 3166 900 77.87 4066 38 3174 868 78.53 4042 39 3102 847 78.55 3949 40 3085 812 79.16 3897 41 2871 782 78.59 3653 42 2782 777 78.17 3559 43 2726 743 78.58 3469 44 2525 738 77.38 3263 45 2637 717 78.62 3354 46 2604 689 79.08 3293 47 2573 658 79.63 3231 48 2466 684 78.29 3150 49 2390 639 78.90 3029 50 2258 626 78.29 2884 51 2195 589 78.84 2784 52 2164 653 76.82 2817 53 2080 547 79.18 2627 54 2020 581 77.66 2601 55 2071 578 78.18 2649 56 2048 555 78.68 2603 57 2097 595 77.90 2692 58 1878 507 78.74 2385 59 1906 542 77.86 2448 60 1729 509 77.26 2238 61 1831 491 78.85 2322 62 1692 510 76.84 2202 63 1704 437 79.59 2141 64 1636 456 78.20 2092 65 1621 428 79.11 2049 66 1537 431 78.10 1968 67 1477 410 78.27 1887 68 1515 443 77.37 1958 69 1399 416 77.08 1815 70 1351 409 76.76 1760 71 1351 371 78.46 1722 72 1312 375 77.77 1687 73 1305 357 78.52 1662 74 1197 390 75.43 1587 75 1193 350 77.32 1543 76 1158 324 78.14 1482 77 1115 338 76.74 1453 78 1003 277 78.36 1280 79 865 291 74.83 1156 80 594 202 74.62 796 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1863 14587 11.33 16450 2 775 12908 5.66 13683 3 816 12502 6.13 13318 4 421 12185 3.34 12606 5 492 10949 4.30 11441 6 652 10772 5.71 11424 7 413 10778 3.69 11191 8 473 11140 4.07 11613 9 347 10230 3.28 10577 10 335 10100 3.21 10435 11 309 9873 3.03 10182 12 318 10057 3.07 10375 13 252 9708 2.53 9960 14 270 9542 2.75 9812 15 250 9606 2.54 9856 16 263 9336 2.74 9599 17 279 8851 3.06 9130 18 220 8850 2.43 9070 19 235 8708 2.63 8943 20 221 8405 2.56 8626 21 185 8489 2.13 8674 22 187 7964 2.29 8151 23 216 8069 2.61 8285 24 177 7755 2.23 7932 25 169 7652 2.16 7821 26 179 7371 2.37 7550 27 180 7598 2.31 7778 28 178 7404 2.35 7582 29 157 7138 2.15 7295 30 133 6823 1.91 6956 31 122 6994 1.71 7116 32 136 6803 1.96 6939 33 120 6671 1.77 6791 34 117 6329 1.82 6446 35 109 6356 1.69 6465 36 112 6277 1.75 6389 37 127 5993 2.08 6120 38 101 5898 1.68 5999 39 129 5892 2.14 6021 40 108 5752 1.84 5860 41 105 5688 1.81 5793 42 100 5531 1.78 5631 43 79 5298 1.47 5377 44 95 5115 1.82 5210 45 94 5148 1.79 5242 46 90 4945 1.79 5035 47 102 4918 2.03 5020 48 84 4876 1.69 4960 49 91 4513 1.98 4604 50 76 4470 1.67 4546 51 83 4523 1.80 4606 52 70 4200 1.64 4270 53 68 4245 1.58 4313 54 80 4121 1.90 4201 55 75 4001 1.84 4076 56 59 3936 1.48 3995 57 58 3799 1.50 3857 58 70 3754 1.83 3824 59 56 3647 1.51 3703 60 56 3585 1.54 3641 61 55 3447 1.57 3502 62 56 3364 1.64 3420 63 67 3189 2.06 3256 64 48 3143 1.50 3191 65 51 3000 1.67 3051 66 42 3034 1.37 3076 67 49 3070 1.57 3119 68 54 2858 1.85 2912 69 65 2756 2.30 2821 70 44 2733 1.58 2777 71 49 2768 1.74 2817 72 47 2554 1.81 2601 73 45 2551 1.73 2596 74 44 2412 1.79 2456 75 40 2444 1.61 2484 76 36 2328 1.52 2364 77 40 2196 1.79 2236 78 45 2072 2.13 2117 79 31 1779 1.71 1810 80 23 1196 1.89 1219 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 3733 45406 7.60 49139 2 2884 37462 7.15 40346 3 2046 35652 5.43 37698 4 1561 34156 4.37 35717 5 1629 33147 4.68 34776 6 1956 30184 6.09 32140 7 1263 29816 4.06 31079 8 1289 29024 4.25 30313 9 1282 29145 4.21 30427 10 1248 28853 4.15 30101 11 1168 28014 4.00 29182 12 1122 27408 3.93 28530 13 1032 28051 3.55 29083 14 1008 27435 3.54 28443 15 977 27198 3.47 28175 16 967 27030 3.45 27997 17 796 26410 2.93 27206 18 800 25642 3.03 26442 19 778 25131 3.00 25909 20 757 24634 2.98 25391 21 714 24213 2.86 24927 22 682 23467 2.82 24149 23 699 23149 2.93 23848 24 641 22733 2.74 23374 25 597 22439 2.59 23036 26 618 22017 2.73 22635 27 614 21704 2.75 22318 28 560 21379 2.55 21939 29 501 20940 2.34 21441 30 497 20523 2.36 21020 31 513 20458 2.45 20971 32 483 19660 2.40 20143 33 435 19290 2.21 19725 34 399 19118 2.04 19517 35 411 18675 2.15 19086 36 403 18186 2.17 18589 37 377 18053 2.05 18430 38 379 17474 2.12 17853 39 369 16979 2.13 17348 40 361 16775 2.11 17136 41 322 16392 1.93 16714 42 338 15910 2.08 16248 43 272 15970 1.67 16242 44 292 15379 1.86 15671 45 284 15207 1.83 15491 46 270 14854 1.79 15124 47 285 14359 1.95 14644 48 252 14175 1.75 14427 49 268 13945 1.89 14213 50 292 13377 2.14 13669 51 282 12986 2.13 13268 52 257 13036 1.93 13293 53 245 12210 1.97 12455 54 249 11881 2.05 12130 55 232 11903 1.91 12135 56 216 11625 1.82 11841 57 197 11511 1.68 11708 58 190 11072 1.69 11262 59 219 10912 1.97 11131 60 189 10577 1.76 10766 61 198 10225 1.90 10423 62 180 10010 1.77 10190 63 177 9684 1.79 9861 64 176 9841 1.76 10017 65 177 9563 1.82 9740 66 163 9197 1.74 9360 67 173 9045 1.88 9218 68 172 8959 1.88 9131 69 154 8669 1.75 8823 70 156 8509 1.80 8665 71 149 8263 1.77 8412 72 146 7971 1.80 8117 73 156 7637 2.00 7793 74 112 7474 1.48 7586 75 153 7186 2.08 7339 76 129 7036 1.80 7165 77 119 6813 1.72 6932 78 127 6260 1.99 6387 79 115 5755 1.96 5870 80 65 3964 1.61 4029